专业定位：立足山东、服务基层、辐射全国，构建符合“新医科”发展需求的人才培养体系，更好地满足社会发展对医学高层次应用型人才的迫切需求，将专业建成具有较强办学实力和社会声誉，在省内具有一定影响力的一流应用型本科专业。
历史沿革：临床医学专业创设于1952年，同年招收医士专业学生；1958年学校升格为本科，招收医疗专业本科生；1959年全国院系调整，更名为济宁医学专科学校，连续招收临床医学专科生；1987年学校升格为济宁医学院，连续招收27届临床医学专业本科生，累计培养近2万名本科毕业生。目前招生规模在500人左右，在校生2968人，已成为学校主体优势专业。